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| NTFS | FAT16 | FAT32 | |
| 磁區限制 | 磁碟區大小最高為 16 EB (Exabyte - 1 個 Exabyte 或 |
磁碟區大小最高為4 GB | 磁碟區大小最高為 2TB |
| 單一檔案大小 | 檔案大小上限為 16 TB 減 64 KB (檔案無法大於檔案所在的磁碟區或磁碟分割) |
檔案大小上限為 2 GB | 檔案大小上限為 4 GB |
| 檔案命名限制 | 檔案與目錄的名稱可達 255 個字元，包括任何副檔名。 檔案名稱會保留大小寫，但不區分大小寫。 |
僅能存放255個8.3格式的檔案，也就是八個字母的檔名及三個字母的副檔名。 | 檔案與目錄的名稱可達 255個字元，包括任何副檔名。 |
| 使用建議 | 除了下列字元 ? " / \ < > * | :以外，檔名可以包含任何字元。 | 除了下列字元 ? " / \ < > * | :以外，檔名可以包含任何字元。 | 除了下列字元 ? " / \ < > * | :以外，檔名可以包含任何字元。 |
| 使用建議 | 適用大於 400 MB 的磁碟或磁碟分割區，所虛耗的空間用於 NTFS 系統檔案形式，通常在 100 MB 的磁碟分割中至少會用掉 4 MB 的磁碟空間。 | 適用於較小容量的磁碟，若磁碟機或磁碟分割大於 200 MB，最好不要使用 FAT 檔案系統，因為磁碟區容量增加之後，FAT 的效能會快速降低。 磁碟區最多只能儲存65517個檔案或資料夾，磁碟區的根目錄最多只能存放大約255個檔案。 |
Windows XP支援大於 32 GB的 FAT32 磁碟區，但是不能使用 Format 工具來建立大於 32 GB 的 FAT32 磁碟區。 如果需要格式化大於 32 GB的磁碟區，可以使用 NTFS檔案系統進行格式化。 |
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